新生兒的腸病毒感染可能發生在產前、生產中或產後階段。產前感染是孕婦感染腸病毒後,經由胎盤傳染給胎兒,通常發生在懷孕晚期;生產中感染是生產過程中,胎兒接觸到已感染腸病毒的母親之血液、產道分泌物、糞便等而受到感染;產後感染是新生兒可能因直接接觸感染者(包括母親、其他密切接觸者或醫護人員)的口咽分泌物或糞便而感染腸病毒,也可經由飛沫、接觸無症狀帶病毒感染者之途徑感染。