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台灣光復之初,本市衛生行政機構,暫於臺北市警察局設「衛生課」,接辦日治時期之臺北市衛生課,民國三十五年五月,才由警察局劃出,成立「衛生院」,直屬於市政府,下設四股,分掌醫政、保健、防疫及總務,附設診療室、試驗室,附屬機構包括稻江傳染病醫院、火葬管理場、牲畜屠宰場、市立各科醫院以及清潔聯合社。

有關市衛生院組織及附屬機關之變遷情形為: 民國五十六年七月一日臺北市改制為直轄市隸屬行政院,臺北市政府衛生局當時之組織為六科四室

第一科:防疫、保健、衛生所管理;

第二科:環境衛生、工業衛生、食品衛生;

第三科:醫政、救護、市立醫療院管理;

第四科:藥政;

第五科:護理及助產行政;

第六科:衛生教育、衛生訓練;

技術室:技術合作、生命統計;

檢驗室:水質及飲食品檢驗;

主計室:歲計、會計及統計;

人事室:人事行政。

附屬機構則有臺北市立醫院、臺北市立婦產科醫院、臺北市立傳染病院及十區衛生所。 

有關臺北市政府衛生局組織及附屬機關之變遷情形為: 
本局於民國八十二年初修正為七科八室,至九十三年十二月止,各科室業務為:

第一科:掌理防疫、傳染病防治、保健服務及衛生所管理。

第二科:掌理營業衛生管理、職業病防治、外籍勞工健康管理及輻射污染建築物住戶健康檢查。

第三科:掌理醫療行政、醫院管理、緊急醫療救護、精神衛生管理、及兒童醫療補助相關作業。

第四科:掌理藥政管理、藥物濫用防制及藥物與化妝品管理。

第五科:掌理護理行政管理、護理機構管理及長期照護業務。

第六科:掌理衛生教育及衛生訓練。

第七科:掌理食品衛生管理及國民營養宣導與管理,並於九十年任務編組增設菸害防制組。

檢驗室:掌理公共衛生檢驗及藥物、食品衛生檢驗。

技術室:掌理衛生企劃、研究發展、出國報告審查與管制、國際衛生合作交流及市醫改革專案計畫。

資訊室:掌理業務資訊化之規劃、推動、管理及所屬各單位實施資訊作業之監督與輔導。

統計室:掌理生命統計、公務統計。

秘書室:掌理研考、文書管理、庶務及出納。

會計室:掌理歲計、會計。

人事室:掌理人事行政管理。

政風室:掌理政風有關事項。

附屬機關為中興、仁愛、和平、婦幼、陽明、忠孝等六家綜合醫院,及中醫、療養院、慢性病防治院、性病防治所專科醫院;和兩家委託經營萬芳醫院、關渡醫院及十二區衛生所。

由於臺北市政府衛生局暨所屬醫療院所之組織架構,係沿襲民國五十六年升格為直轄市前之省轄市框架,三十餘年未大幅調整。為迎頭趕上國際發展趨勢,躋身全球化國際級健康之都,並與中央衛生機關組織再造同步,建立事權統一之責任機制,俾使權責分明、各司其職,使現有人力配置,發揮最佳效能,並以提升醫療服務品質、增進醫療服務效能及降低醫療服務成本三項主要層面,讓市民能得到更完善的醫療服務,並達到本府人事精簡的目標,遂檢討修正衛生局及所屬十二區衛生所組織,並將十家市立醫療院所整併為聯合醫院。 

九十四年一月一日修編後設五個局內處及七個室,業務職掌如下:

一、疾病管制處:掌理疫情監測、調查、訓練及醫院院內感控事項、規劃疫苗接種之政策及執行、社區傳染病及新興傳染病之防治、外勞與營業衛生從業人員之防疫及委託臺北市立聯合醫院辦理疾病防治等事項。

二、藥物食品管理處:掌理藥政、藥品、醫療器材、化粧品、食品衛生管理及國民營養調查、諮詢、管理等事項。

三、醫護管理處:掌理醫政、醫院管理、護理行政、藥械供應、緊急救護、特殊照護及心理衛生輔導等事項。

四、健康管理處:掌理健康管理及保健業務之推展、監督、規劃、考核事項。

五、企劃處:掌理綜合業務規劃、研究發展、計畫管考、國際衛生合作、公共關係、議事、綜合業務宣導、綜合衛生業務訓練等事項。

六、秘書室:掌理財產管理、文書管理、庶務、出納及其他不屬各處室事項。

七、檢驗室:掌理食品、藥物及公共衛生檢驗及支援公共衛生相關稽查樣品檢驗、投訴檢舉專案檢驗、受理飲食品藥物等申請檢驗事項。

八、資訊室:掌理業務電腦化及辦公室自動化之規劃、推動、管理及所屬各單位實施資訊作業之督導、輔導等事項。

九、會計室:掌理歲計及會計事項。

十、統計室:掌理統計事項。

十一、人事室:掌理人事管理事項。

十二、政風室:掌理政風事項。

附屬機關為臺北市立聯合醫院,計有中興、仁愛、和平、陽明、忠孝、婦幼、松德、昆明、林森(中醫)等九個院區,及萬芳、關渡兩家委託經營醫院和十二區健康服務中心。其中自100年1月19日起,和平院區及婦幼院區整合為「和平婦幼院區」;原林森院區、中醫院區整合為「林森中醫院區」。 

一00年十二月四日修編後,「藥物食品管理處」修正為「食品藥物管理處」,局內五處七室業務職掌如下:

一、疾病管制處:
疫情監測、調查、訓練及醫院院內感控事項、規劃疫苗接種之政策及執行、社區傳染病及新興傳染病之防治、外勞與營業衛生從業人員之防疫及委任臺北市立聯合醫院辦理疾病防治等事項。

二、食品藥物管理處:
藥政、藥品、醫療器材、化粧品、食品衛生管理、健康飲食推動、諮詢及管理等事項。

三、醫護管理處:
醫政、醫院管理、護理行政、藥械供應、緊急救護、特殊照護及心理衛生輔導等事項。

四、健康管理處:
健康管理及保健業務之推展、監督、規劃及考核等事項。

五、企劃處:
綜合計畫、研究發展、管制考核、國際衛生合作、公共關係、議事、綜合業務宣導及衛生業務訓練等事項。

六、檢驗室:
食品、藥物及公共衛生檢驗及支援公共衛生相關稽查樣品檢驗、投訴檢舉專案檢驗及受理飲食品藥物申請檢驗等事項。

七、資訊室:
業務電腦化及辦公室自動化之規劃、推動、管理及所屬各單位實施資訊作業之督導及輔導等事項。

八、秘書室:
文書、檔案、出納、總務、財產管理及不屬於其他各單位事項。

九、會計室:
依法辦理歲計及會計事項。

十、統計室:
依法辦理統計事項。

十一、人事室:
依法辦理人事管理事項。

十二、政風室:
依法辦理政風事項。

一0六年七月一日修編後,內部一級業務單位名稱由原設「處」改設「科」;派出單位聯合稽查隊改設「衛生稽查科」;增設「長期照護科」及「心理衛生科」。局內九科六室業務職掌如下:

一、綜合企劃科:
綜合計畫、研究發展、管制考核、國際衛生合作、公共關係、議事、綜合業務宣導及衛生業務訓練等事項。

二、疾病管制科:
疫情監測、調查、訓練與醫院院內感控事項、規劃疫苗接種之政策與執行、社區傳染病與新興傳染病之防治、外勞與營業衛生從業人員之防疫及委任臺北市立聯合醫院辦理疾病防治等事項。

三、食品藥物管理科:
藥政、藥品、醫療器材、化粧品、食品衛生管理、健康飲食推動、諮詢及管理等事項。

四、醫事管理科:
醫事行政、醫事機構管理、醫事人員管理、緊急救護及醫療爭議調處等事項。

五、健康管理科:
健康管理與保健業務之推展、監督、規劃及考核等事項。

六、長期照護科:
提供長照服務、制定轄內長照政策、長照體系之規劃、宣導與執行、辦理地方之長照服務訓練、長照機構之督導考核及特殊照護等事項。

七、心理衛生科:
心理健康促進與輔導、精神疾病防治、性侵家暴處遇、自殺防制等業務之規劃、推展、監督及考核等事項。

八、衛生稽查科:
衛生相關法規人民申請案現場履勘、人民陳情與檢舉違規案件稽查、各業別例行或計畫性稽查、抽驗、輔導及食品中毒調查處理等事項。

九、檢驗科:
食品、藥物與公共衛生檢驗與支援公共衛生相關稽查樣品檢驗、投訴檢舉專案檢驗及受理飲食品藥物申請檢驗等事項。

十、資訊室:
業務電腦化及辦公室自動化之規劃、推動、管理及所屬各單位實施資訊作業之督導及輔導等事項。

十一、秘書室:
文書、檔案、出納、總務、財產管理及不屬於其他各單位事項。

十二、會計室:
依法辦理歲計及會計事項。

十三、統計室:
依法辦理統計事項。

十四、人事室:
依法辦理人事管理事項。

十五、政風室:
依法辦理政風事項。